（1）胃肠道出血：应与咽血综合征、先天性消化性溃疡、消化道畸形和感染等鉴别。咽血综合征是新生儿出生时咽下母亲产道的血液、带血羊水等，于生后不久即发生呕吐，呕吐物呈棕色，也可有便血，但血量甚微，洗胃后即止吐，无凝血机制障碍。另外，碱变性试验可用以鉴别母血及儿血，儿血含胎儿型血红蛋白（抗碱性强）、母血含成人型血红蛋白（抗碱性弱）。取呕吐物加水稀释，旋转后取悬液5份，加1％氢氧化钠1份，1～2分钟后观察，棕黄色为母血，红色为儿血。先天性消化性溃疡和胃穿孔早期、坏死性小肠结肠炎同时胃壁受累者，均可有吐血、便血；产程中窒息缺氧所致急性应激性溃疡时，可大量吐血、便血，这些疾病均无凝血机制障碍。

　　（2）产伤性出血：多发生于分娩的先露部位，生后即出现，但与本症常有因果关系，或同时存在，相互加重病情。

　　（3）先天性血小板减少性紫癜：可在生后1周内出血，但血小板显著减少。

　　（4）其他先天性或后天性凝血障碍：①其他先天性凝血因子缺乏及先天性纤维蛋白原缺乏症，均为终身性疾病，虽经输血好转，仍可复发，确诊需赖特异的凝血功能检查，而本症为暂时性，一次治愈，不再复发。②各种感染、硬肿症、肺出血等，可因弥漫性血管内凝血所致出血，均为获得性，在出血之前已有原发病存在，出血发生较晚，与本病在初生早期、自然出血不同。

　　（5）其他：如脐部出血应与脐带结扎不紧、脐部感染或肉芽肿等所致出血鉴别。阴道出血应与假月经鉴别。罕见遗传性出血性毛细血管扩张症在新生儿早期发生出血。